De ChristenUnie heeft de volgende partijstructuur:
Lokale afdelingen
De ChristenUnie is een politieke partij waarin verbanden en personen verenigd zijn. De lokale verbanden waarin de ChristenUnie-leden samenwerken hete 'lokale afdelingen' (voorheen kiesverenigingen). ChristenUnie-leden zijn zowel lid van de landelijke partij als van de lokale afdeling.
Provinciale Unies
De provincie is de schakel tussen het gemeentebestuur en de rijksoverheid. De ChristenUnie is op provinciaal niveau georganiseerd in 12 Provinciale Unies. Dit zijn provinciale afdelingen die medeverantwoordelijk zijn voor de realisatie van de doelstellingen van de ChristenUnie in de betreffende provincie. En ook voor de waterschappen waarvan de hoofdzetel zich in de betreffende provincie bevindt.
Partijcongres
Het partijcongres is de 'algemene vergadering' van de partij. Daar worden alle belangrijke besluiten genomen, zoals het vaststellen van verkiezingsprogramma's en kandidatenlijsten voor landelijke verkiezingen. Ieder lid van de ChristenUnie heeft spreek- en stemrecht op het congres. Naast individuele leden hebben ook de lokale afdelingen spreek- en stemrecht. Ook PerspectieF, de jongerenorganisatie van de ChristenUnie praat en stemt mee.
Landelijk Bestuur
De partij wordt bestuurd door het Landelijk Bestuur.
Partijbureau
Op het landelijk partijbureau in Amersfoort zitten de ondersteunende diensten van de ChristenUnie. Vanuit dit kantoor wordt er advies gegeven, het ledenmagazine gemaakt, de website beheerd en cursussen georganiseerd. Tevens verzorgt het bureau de financiële administratie en de ledenadministratie. Ook het Wetenschappelijk Instituut, de Mr. G. Groen van Prinsterenstichting, de Bestuurdersvereniging, en PerspectieF (ChristenUnie-jongeren) zijn gevestigd in het Partijbureau.
